mNGS在检测耶氏肺孢子菌感染中的应用
导读
耶氏肺孢子菌可以通过空气传播并在肺内繁殖,对于免疫功能低下的宿主,尤其一些HIV感染者、造血干细胞和实体器官移植受者,极易受到耶氏肺孢子菌的感染。临床上的传统诊断主要为镜检染色,对于一些体内肺孢子菌的负荷量较少的肺孢子菌肺炎(PCP)患者,临床阳性诊断率很低。
随着宏基因组二代测序技术(mNGS)的兴起,明显提高了临床对于肺孢子菌肺炎的诊断水平, 苏州大学附属儿童医院的一个急性淋巴细胞白血病患者,通过使用迪飞医学的mNGS产品迪感康™检测,诊断出肺部感染的菌群-耶氏肺孢子菌,通过治疗达到好转出院。
病史简介
女性,14岁7个月,2019-07-30入院,发热、咳嗽三天伴呼吸困难。
现病史: 2019-7-28血常规检查发现白细胞、血红蛋白和中性粒细胞显著上升,胸部CT显示两肺感染,骨髓涂片有核细胞增生低下,予抗感染治疗及支持治疗,患者胸闷较前加重,脉氧85%左右,送至苏大附属儿童医院进一步治疗。
既往史: 2019-04-30,患急性淋巴细胞白血病,进行Hyper-CVAD方案化疗,后因“肺部感染延迟化疗”。
入院查体
1. 体格检查 :T38.0℃,颈部淋巴结稍肿大,咽红,呼吸急促,可及吸气性三凹征,双肺呼吸音粗,可及散在湿罗音;
2. 实验室检查 :炎症标记物:CRP:253.79mg/L;外周血检测:多次双侧血培养(-),呼吸道病原抗体(-),EBV+CMV(-),MP-IgG(+),IgM(-),GM试验(-),G试验(-);
3. 痰及肺泡灌洗液 :病毒全套(-),鼻病毒、偏肺病毒(-)MP+CP(-),TB(-),CMV(-),多次痰培养阴性,后培养出假单胞菌(2+);
4. 胸片 :床边胸片提示两肺弥漫团片影,考虑感染;
5. mNGS检查
2019-07-31,外周血、肺泡灌洗液行mNGS检测:外周血-耶氏肺孢子菌4775条序列数,肺泡灌洗液-耶氏肺孢子菌8029条序列数。
图 mNGS检测结果
临床治疗
入院后,病情告急,进行呼吸支持和抗感染治疗,经验性治疗:利奈唑胺、亚胺培南、卡泊芬净、预防性SMZ进行联合抗感染治疗。 2019-08-03 根据mNGS结果调整用药,将预防量SMZ改为治疗量SMZ。
1. 体温及治疗经过
2. 胸片变化
在8月3号胸片检测中,两肺弥漫团片影较之前相仿,右侧出现少量胸腔积液。
在8月6号胸片检测中,经过PCP治疗后,两肺透亮度较前略改善。
在8月9号胸片检测中,两肺弥漫团片影较前略吸收。
在8月13号胸片检测中,两肺弥漫团片影较前部分吸收。
3. HRCT
2019-08-16进行了CT检查:胸部CT平扫+CT成像,两侧胸廓对称,两侧肺门不大,两侧胸膜腔未见积液影。
4.转归
2019-08-13,患者拔管并撤呼吸机
2019-08-16,两侧胸膜腔积液消失,病情转好
2019-08-19,患者好转出院
总结
HIV感染者、造血干细胞和实体器官移植受者,由于免疫功能低下,极易受到耶氏肺孢子菌的感染,临床传统镜检染色灵敏度低,对于体内肺孢子菌的负荷量较少患者常会出现假阴性,宏基因组二代测序技术(mNGS)的应用,提高了临床对于耶氏肺孢子菌的诊断,mNGS技术可以帮助多样本识别多种病原体,尤其是对于临床常出现的混合感染的患者诊断是非常有意义的。
mNGS作为一种新的不依赖培养的方法,显示了快速、敏感和准确的病原体鉴定能力,这项技术为临床医生制定精准的治疗方案提供了强有力的支持。相信在不久的将来,mNGS将越来越广泛地应用于临床,使更多的医生和患者受益。迪飞医学迪感康️™采用自主研发HUGO去人源宿主核酸技术,实现病原微生物的富集,同时优化核酸提取技术,进一步提升病原微生物检测结果的敏感性和准确性。
参考文献
1. Stern A, Green H, Paul M, et al. Prophylaxis for Pneumocystis pneumonia (PCP) in non-HIV immunocompromised patients. Cochrane Database Syst Rev 2014.
2. Miao Q, et al. Microbiological Diagnostic Performance of Metagenomic Next-generation Sequencing When Applied to Clinical Practice. Clin Infect Dis. 2018 Nov 13;67: S231-S240.
3. Yi, Zhang, Jing-Wen, et al. A cluster of cases of pneumocystis pneumonia identified by shotgun metagenomics approach.[J]. The Journal of infection, 2018.